2005年3月召开的省政协九届二次会议上，《关于重建千年古刹海云寺的建议》被提案，在社会各界的不懈努力下，政府与专家学者及佛教界之间达成了共识。

2008年广州市番禺区政府同意恢复重建海云寺。

2012年12月21日，原广州市市长陈建华到番禺区调研时，提出到海云寺旧址了解情况，抵达旧址当场提出恢复重建海云寺，要在原址重建才有历史意义。随后定下原址重建海云寺。

2014年，海云寺被广州市政府定为点“广州市100个重项目”之一。

至今，经广州市名族宗教事务局慎重决定，由广州市佛教协会会长耀智法师接过了原址重建海云寺的重任。