广州市政府于1993年投资1500万参照旧制重建，恢复的景点有钟鼓楼、大雄宝殿、慈云殿等，于1995年5月对外开放。能仁寺占地面积为17288.7平方米，地势三面环山，幽谷深藏，绿树成萌，内有大雄宝殿、慈云殿等庙宇总建筑面积2224.3平方米，寺内佛像，庄严肃穆，含意深奥，意趣横生。寺里主要古迹有虎跑泉、甘露泉、玉虹池、流云飘月、古桥等，还有抗法英雄黑旗将军刘永福一笔写下的一个高2米宽1米的红色“虎”字，为这个庄严静穆的山寺增添了几分浩气。　　

       2012年4月，市政府礼请广州市佛教协会会长、大佛古寺住持耀智大和尚，来山住锡，和尚慈悲，来山住持之后就取消入寺门票，开展各类弘法活动。每逢农历初一日，寺院常住会带领信众三步一拜朝山祈福活动。逢十斋日诵经回向。日复一日，能仁寺渐被更多人知晓，谒山进香者络绎不绝，日益增长。