光绪十三年（公元1887年），寺僧惟中又大加扩建，扩建后能仁寺的规模为：牌坊（上书“佛境”）、山门（有民国著名僧人苏曼殊所书“金刚法界”横额）、大雄宝殿、慈云殿（殿下有“甘露泉”）、地藏殿、三摩地（静室）、无尘地（静室）六祖殿、宝月阁（知客）、钟楼、鼓楼、祖师堂、说法堂、库房、香积橱、斋堂、客堂，尚保留玉虹池旧迹，当时主持僧惟中刻石碣于上，寺前水溪即弥勒坑水。寺门后有石桥，题有“流云漂月”四字，传为昔日之虹桥旧迹云，桥下流水湍急，直泻而下，今已渐涸。佛殿侧之虎跑泉仍在，观音殿后现保留甘露井，亦名泉也。近代禅宗泰斗虚云和尚曾任住持，纲为法务。可谓名山有胜迹，高人谒禅窟。