1996年3月，中国佛学院学士、青年僧人耀智法师（现任中国佛教协会常务理事，广东省佛教协会常务副会长兼秘书长，广州市佛教协会会长），进院接任住持，担当起扩展弘法利生、中兴佛教丛林、开拓慈济事业的光荣使命。

在弘法利生，积极弘扬优秀传统文化方面，耀智大和尚于2000年创办 “广东省立中山图书馆大佛寺分馆”，成为全省首个宗教类图书馆，并对外开放。于2003年5月18日创办“海螺梵乐艺术团”，并长期赴邀至全国各地巡演。于2008年创办双月刊《如是雨林》，作为广东省立中山图书馆大佛寺佛教分馆馆刊，已成为中国佛教界发行量最大的杂志，并入藏中国国家图书馆。自2009年始，每年定期举办读书节活动和禅修活动并亲自指导。开设念佛团、老人共修班，成立“临终关怀助念团”等，都已发展成为大佛寺文化品牌。并长期为海内外佛教界人士及专家学者、在家信众宣讲“禅与幸福人生”系列专题讲座。

在中兴佛教丛林，加强现代化佛教寺院建设管理方面，耀智大和尚2001年收回广州市白云山东麓祖师塔院历史用地，重建“大佛寺佛世山庄”，安置历代祖师灵骨。重新修订寺院各项规章制度，形成《大佛寺各项规章制度汇编》，建立长效机制，确保道场庄严、如法如律。于2010年启动大佛寺扩建工程，致力于打造“广州市佛教文化中心”。

在拓展社会服务，加大社会帮扶和社会救助方面，耀智大和尚于2005年5月成立“大佛寺慈善功德会”，以关注教育医疗、扶贫、养老、恤孤、环保等社会公益事业及慈善事业为宗旨，发展至今会员达数千人。2011年4月，与华南农业大学合作成立“心灵与生活咨询中心”。多年来积极参与公益慈善事业，帮助社会弱势群体，在尊老爱幼、恤孤助残、扶贫赈灾、捐米捐物、修桥铺路等方面进行援助。于2013年成立“广州佛教界垃圾分类义工队”，组织近一千人队员积极展开环保宣传服务。