大佛寺始建於南漢時期（917-971年），初名新藏寺，元明時期多次更易寺名。清康熙二年（1663年），平南王尚可喜為「天子祈福」重建寺院，因規模恢宏被譽為「嶺南之冠」，遂定名大佛寺。鼎盛時期佔地逾三萬平方米，後歷經滄桑，僅存大雄寶殿。

1986年，廣州市政府批准開放大佛寺。1996年耀智法師晉任住持後，歷經二十餘載修復工程，至2023年完成寺院整體重建，恢復叢林格局。現建置毗盧殿、禪堂、圖書館、素食館等現代化設施，以及觀音殿、地藏殿、鐘鼓樓等傳統殿堂，總建築面積達三萬餘平方米，兼具禮佛、禪修、文化傳播等多元功能。

大佛寺歷史淵源深厚，見證諸多重史：清代五世班禪曾於此啟建法會；雍正帝頒旨整飭粵省佛教；林則徐設禁煙總局於斯地；孫中山題贈「闡揚三密」護持寺產；周恩來於此開辦革命培訓班。今之大佛寺不僅為佛教聖地，更成羊城重要歷史文化地標。